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    value: "assertion"
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    value: "pubinfo"
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    value: "text"
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    o_literal {
      lex: "samples:\n  A: data/samples/A.fastq\n  B: data/samples/B.fastq\n\nbwa_map:\n  rg: \"@RG\\\\tID:{sample}\\\\tSM:{sample}\""
    }
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rows {
  name {
    value: "dataset"
  }
}
rows {
  name {
    value: "Dataset"
  }
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rows {
  quad {
    s_iri {
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    value: "describesWorkflow"
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    value: "generatedAt"
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    }
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      lex: "2026-06-09T14:02:59.240893+00:00"
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    }
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    value: "hasConfigurationSection"
  }
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    value: "workflow-configuration"
  }
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    p_iri {
    }
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      prefix_id: 9
    }
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    value: "hasRuleSection"
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    value: "workflow-rules"
  }
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rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 4
    }
    o_iri {
      prefix_id: 9
    }
  }
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    value: "job-1-bcftools_call"
  }
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  name {
    value: "WorkflowJob"
  }
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rows {
  quad {
    s_iri {
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
  }
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  name {
    value: "hasOutput"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "calls/all.vcf"
    }
  }
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  name {
    value: "ruleName"
  }
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bcftools_call"
    }
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  name {
    value: "job-2-bwa_mem"
  }
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  quad {
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    }
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      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 4
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    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/A.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bwa_mem"
    }
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  name {
    value: "job-3-bwa_mem"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 29
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 4
      name_id: 25
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/B.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bwa_mem"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "job-4-plot_positions"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 30
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 4
      name_id: 25
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "calls/positions.png"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "plot_positions"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "job-5-plot_quals"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 31
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 25
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "calls/quals.svg"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "plot_quals"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "job-6-samtools_index"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 32
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 25
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/A.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "samtools_index"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "job-7-samtools_index"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 33
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 25
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/B.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "samtools_index"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-bcftools_call"
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasInput"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 34
    }
    p_iri {
      prefix_id: 4
    }
    o_literal {
      lex: "data/genome.fa"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/A.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/A.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/B.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/B.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 26
    }
    o_literal {
      lex: "calls/all.vcf"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-bwa_mem"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 36
    }
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 35
    }
    o_literal {
      lex: "data/genome.fa.amb"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "data/genome.fa.ann"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "data/genome.fa.pac"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "data/genome.fa.sa"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 26
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/{sample}.bam"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasSoftwarePackage"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 37
    }
    o_literal {
      lex: "github.com/snakemake/snakemake-wrappers/bio/bwa/mem/environment.yaml@v5.7.0"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-plot_positions"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
    }
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 35
    }
    o_literal {
      lex: "calls/all.vcf"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 26
    }
    o_literal {
      lex: "calls/positions.png"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-plot_quals"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 39
    }
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 35
    }
    o_literal {
      lex: "calls/all.vcf"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 26
    }
    o_literal {
      lex: "calls/quals.svg"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-samtools_index"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 40
    }
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 35
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/{sample}.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 26
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/{sample}.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 37
    }
    o_literal {
      lex: "github.com/snakemake/snakemake-wrappers/bio/samtools/index/environment.yaml@v5.7.0"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "label"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 21
    }
    p_iri {
      prefix_id: 7
      name_id: 41
    }
    o_literal {
      lex: "from workflow configuration"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasConfigurationFile"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 4
    }
    o_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 12
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
      name_id: 15
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      name_id: 23
    }
    p_iri {
      prefix_id: 7
      name_id: 41
    }
    o_literal {
      lex: "workflow rules"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasWorkflowRule"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 43
    }
    o_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 34
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
      name_id: 36
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
      name_id: 38
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "generatedAtTime"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      name_id: 4
    }
    p_iri {
      prefix_id: 6
      name_id: 44
    }
    o_literal {
      lex: "2026-06-09T16:02:59.283641+02:00"
      datatype: 1
    }
    g_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 7
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "wasAttributedTo"
  }
}
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