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    value: "text"
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      lex: "samples: samples.csv\n\nref:\n    species: \"Drosophila melanogaster\"\n    genome: \"\"\n    annotation: \"\"\n    accession: \"GCF_000001215.4\"\n    ensembl_species: \"\"  # e.g., \"homo_sapiens\"\n    build: \"\"  # e.g., \"GRCh38\"\n    release: \"\"  # e.g., \"105\"\n\nread_filter:\n    min_length: 200\n\nminimap2:\n    index_opts: \"\"\n    opts: \"\"\n    maximum_secondary: 100\n    secondary_score_ratio: 1.0\n\nsamtools:\n    samtobam_opts: \"-b\"\n    bamsort_opts: \"\"\n    bamindex_opts: \"\"\n    bamstats_opts: \"\"\n\nquant:\n    salmon_libtype: \"U\"\n\ndeseq2:\n    fit_type: \"\"\n    design_factors:\n        - \"condition\"\n    lfc_null: 1.0\n    alt_hypothesis: \"greaterAbs\"\n    point_width: 20\n    mincount: 10\n    alpha: 0.05\n    threshold_plot: 10\n    colormap: \"Blues\"\n    figtype: \"png\"\n    batch_effect:\n      - \"\"\n\nisoform_analysis:\n    FLAIR: true\n    qscore: 1\n    exp_thresh: 10\n    col_opts: \"--annotation_reliant generate --generate_map --stringent\"\n\nprotein_annotation:\n    lambda: false\n    uniref: \"https://ftp.imp.fu-berlin.de/pub/lambda/index/lambda3/gen_0/uniref50_20230713.lba.gz\"\n    num_matches: 3"
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    value: "dataset"
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rows {
  name {
    value: "Dataset"
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      lex: "This workflow performs differential expression analysis of RNA-seq data obtained from Oxford Nanopore long-read sequencing technology.\nFirst a transcriptome FASTA is constructed using gffread [https://github.com/gpertea/gffread]. Reads are then mapped to the transcriptome with the long-read optimized alignment tool minimap2 [https://github.com/lh3/minimap2].\nNext quantification is performed using salmon [https://github.com/COMBINE-lab/salmon] before normalization and differential expression analysis are conducted by PyDESeq2 [https://github.com/owkin/PyDESeq2].\nThe workflow can optionally analyze splice-isoforms through integrating the FLAIR [https://github.com/BrooksLabUCSC/flair] workflow.\nAdditionaly, NanoPlot [https://github.com/wdecoster/NanoPlot] is employed to analyze initial sequencing data and QualiMap [https://github.com/EagleGenomics-cookbooks/QualiMap] is used to evaluate mapping results."
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    value: "generatedAt"
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    o_literal {
      lex: "2026-04-17T14:23:10.537850+00:00"
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    value: "job-10-alignment_qa_report"
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    value: "job-20-bam_stats"
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    value: "job-21-bam_stats"
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    value: "job-37-download_ncbi_genome"
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    value: "job-44-flair_align"
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    value: "job-51-get_annotation"
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    value: "job-53-gff_to_gtf"
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    value: "job-54-iso_analysis_report"
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    value: "job-71-sample_qa_plot"
  }
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    o_iri {
    }
  }
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    value: "job-72-sample_qa_plot"
  }
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    o_iri {
    }
  }
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  name {
    value: "job-73-sample_qa_plot"
  }
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  quad {
    o_iri {
    }
  }
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  name {
    value: "job-74-sample_qa_plot"
  }
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    o_iri {
    }
  }
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  name {
    value: "job-75-standardize_gff"
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    o_iri {
    }
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  name {
    value: "job-76-total_sample_qa_plot"
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    o_iri {
    }
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  name {
    value: "job-77-transcriptid_to_gene"
  }
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    }
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    value: "job-8-alignment_qa_report"
  }
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    o_iri {
    }
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    value: "job-9-alignment_qa_report"
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    o_iri {
    }
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  name {
    value: "WorkflowJob"
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    }
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  name {
    value: "ruleName"
  }
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    p_iri {
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    }
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      prefix_id: 4
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    }
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    p_iri {
    }
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      lex: "alignment_qa_report"
    }
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      prefix_id: 4
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    }
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    p_iri {
    }
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    }
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    p_iri {
    }
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      lex: "alignment_qa_report"
    }
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    }
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    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_sort"
    }
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    s_iri {
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    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 4
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    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_sort"
    }
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}
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    s_iri {
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      prefix_id: 12
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    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_sort"
    }
  }
}
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      prefix_id: 12
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    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_sort"
    }
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}
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    s_iri {
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      prefix_id: 4
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    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_sort"
    }
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    s_iri {
      prefix_id: 9
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_sort"
    }
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    s_iri {
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      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_stats"
    }
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}
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  quad {
    s_iri {
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    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa"
    }
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}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 35
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_stats"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 36
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_stats"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 37
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_stats"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 38
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_stats"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 39
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bam_stats"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 40
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "build_flair_genome_index"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 41
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "build_minimap_index"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 42
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "correct_transcriptome"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 43
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "count_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 44
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "count_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 45
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 46
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "count_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 47
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "count_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 48
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "count_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 49
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "count_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 50
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "deseq2"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 51
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "deseq2_init"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 52
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "download_ncbi_annotation"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 53
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "download_ncbi_genome"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 54
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "filter_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 55
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "filter_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 56
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 57
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "filter_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 58
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "filter_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 59
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "filter_reads"
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      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 4
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    }
  }
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    }
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      lex: "filter_reads"
    }
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    s_iri {
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      prefix_id: 4
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    }
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    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "flair_align"
    }
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      prefix_id: 4
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    }
  }
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    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "flair_collapse"
    }
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    s_iri {
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      name_id: 10
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    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "flair_correct"
    }
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    s_iri {
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      prefix_id: 4
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    }
  }
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    p_iri {
    }
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      lex: "flair_diffexp"
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    s_iri {
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    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
  }
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    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "flair_plot_isoforms"
    }
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    s_iri {
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    }
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      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "flair_quantify"
    }
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    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 67
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa"
    }
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  quad {
    s_iri {
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      name_id: 68
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "genome_to_transcriptome"
    }
  }
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 69
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "get_annotation"
    }
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    s_iri {
      prefix_id: 9
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    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "get_genome"
    }
  }
}
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  quad {
    s_iri {
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    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "gff_to_gtf"
    }
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    s_iri {
      prefix_id: 9
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    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "iso_analysis_report"
    }
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}
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    s_iri {
      prefix_id: 9
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    }
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      prefix_id: 12
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    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "map_reads"
    }
  }
}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 74
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "map_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 75
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "map_reads"
    }
  }
}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 76
    }
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    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "map_reads"
    }
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}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 77
    }
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    }
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      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "map_reads"
    }
  }
}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 78
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 79
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "map_reads"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 80
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "merge_read_counts"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 81
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "reads_manifest"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 82
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sam_to_bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 83
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sam_to_bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 84
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sam_to_bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 85
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sam_to_bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 86
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sam_to_bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 87
    }
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      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sam_to_bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 88
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sample_qa_plot"
    }
  }
}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 89
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
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  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa_report"
    }
  }
}
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  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 90
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sample_qa_plot"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 91
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sample_qa_plot"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 92
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sample_qa_plot"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 93
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sample_qa_plot"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 94
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "sample_qa_plot"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 95
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "standardize_gff"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 96
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "total_sample_qa_plot"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 97
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "transcriptid_to_gene"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 98
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 100
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "alignment_qa_report"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 99
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
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      lex: "alignment_qa_report"
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  name {
    value: "label"
  }
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    }
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    o_literal {
      lex: "from workflow configuration"
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    value: "hasConfigurationFile"
  }
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    value: "generatedAtTime"
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    o_literal {
      lex: "2026-04-17T16:23:11.855128"
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    value: "wasAttributedTo"
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  name {
    value: "0000-0003-2408-7588"
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  }
}
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  name {
    value: "created"
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    s_iri {
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      name_id: 2
    }
    p_iri {
      prefix_id: 1
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    }
    o_literal {
      lex: "2026-04-17T14:23:10.537850+00:00"
      datatype: 1
    }
    g_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 9
    }
  }
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  name {
    value: "creator"
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  quad {
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    value: "hasNanopubType"
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  name {
    value: "signedBy"
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  quad {
    p_iri {
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    }
    o_literal {
      lex: "Snakemake workflow metadata: RAjHDlPDghZzc9ZvQ3uJQNJ9Jd_KAYzZt7dk5PXKgjRyE"
    }
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}
rows {
  quad {
    p_iri {
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    }
    o_literal {
      lex: "2026-04-17T16:23:11.855128"
      datatype: 1
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  }
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  quad {
    p_iri {
    }
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      prefix_id: 5
    }
  }
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rows {
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    value: "sig"
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    value: "hasAlgorithm"
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    s_iri {
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      lex: "RSA"
    }
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  name {
    value: "hasPublicKey"
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rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "MIIBIjANBgkqhkiG9w0BAQEFAAOCAQ8AMIIBCgKCAQEAkOFUnnRCp/k9/0ugvx8zQJ+Qc675W1Ug6F839+xvJ2QsSBu4iOJ1O2kJCmb3tALp3gJOt8sffRot3VrfY1hbgXxL7BVtDsfHHmXVff4YCeg5Ycdn5cDpLawDpAdYwMhK0LwIkZ3fwH9/o9JniYKXLV/jpF9bMKyiw/6tqlCHaMW1r8gzZzoxVIAakwvlABoY0iNoToLTlBRXEI4mLUNjDMnMwQgfh1KXMxMruNjW3wJyeDEIfa2ooAt0E4CRM9pkrEb37NzD9Jz8aSUFFY6BvIxF4ixK7rm6IUDvQ76LqXkEmgSeRv1kw7gnCe9wV/wHd0ZeW4heoBXmLHX3MvHfjwIDAQAB"
    }
  }
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rows {
  name {
    value: "hasSignature"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "RWZ3dlsLBdw7Q0vAkQ6lXqIqXWIV/DUMp7moQ9Dswbxq17j9DHlrFn5Vvun/ihdDmq0786J8XXIvP0D+L4/7cc2dWfayRFx4wL1GxdHvxxzIK/UqiZmQLyB9d1k2tpTvcni8VYYsUYw6uXgkoSkZSHR81m2XqqRrCgbvfdfn/x1qhmKYpzNrGosUMAQTW44UElZJLjoCdRTFiccPZRTGJC1F6GYaqxmdPv/IYBI7jQNeKL2CcPhDojYCjiIifn3QUQ/Qpdfe1HagB3xGtXspo5JRgzn/f5cwECf2KZGRYGonnshrN3CZri16UI7PKCKK4hSyzGol4ZN7gi5z2DIFZA=="
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rows {
  name {
    value: "hasSignatureTarget"
  }
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rows {
  quad {
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rows {
  quad {
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    }
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}